Tháng 3/1168, Thiên hoàng Rokujō bị ông nội mình là Go-Shirakawa lật đổ, đưa người chú là thân vương Nobuhito lên ngôi [5] lấy hiệu là Thiên hoàng Takakura. Ông đổi niên hiệu của cháu mình thành niên hiệu Nin'an nguyên niên (1168-1169).

Ông là Thiên hoàng rất thương dân. Sau khi lên ngôi, ông thường nhắc lại nhiều lần về phương châm trị nước của mình: "Vua có thể ví với thuyền, dân có thể ví với nước; nước có thể chở thuyền mà cũng có thể lật thuyền"[6]. Ông muốn tự tay mình thi hành phương châm đó trong việc trị dân, nhưng bị phe của cha mình (Go-Shirakawa) và họ Taira ngăn cản, nên không thành.

Tháng 5/1177, gió lớn làm lửa cháy to ở kinh đô, nhưng được triều đình dập tắt kịp thời.

Tháng 3/1180, Thiên hoàng Takakura thoái vị[7], nhường ngôi cho con trai mới 3 tuổi là Tokohito. Tokohito sẽ lên ngôi Thiên hoàng cuối cùng của Thời kỳ Heian, Thiên hoàng Antoku.